Pronto descubren que Atlantis está en peligro inminente debido a la presencia de los Wraith, criaturas vampíricas que han estado saqueando la ciudad durante siglos. Los Wraith son seres poderosos y casi invencibles que se alimentan de la energía de los seres vivos.
La historia comienza cuando un equipo internacional de científicos y militares, liderado por la Dra. Elizabeth Weir y el Mayor John Sheppard, descubre la ubicación de la legendaria ciudad de Atlantis en la Galaxia de Pegaso. Al cruzar el Stargate, se dan cuenta de que se trata de un viaje de ida, ya que no tienen la energía suficiente para regresar a la Tierra de inmediato. Pronto descubren que Atlantis está en peligro inminente